Didesain dan dibangun oleh al Sedefkar Mehmet Aga yang merupakan arsitek Mesjid Biru, ia murid Mimar Sinan kepala arsitek bagi sultan Suleiman I, Selim II, dan Murad III.
Mesjid Biru memiliki banyak fitur seperti kubah, setengah kubah, dan menara yang ramping. Enam menara yang menjadi karakteristik masjid tersebut merupakan sesuatu yang tidak biasa dalam gaya arsitektur khas Ottoman.