Baca Juga: Hubungan Raja dan Ratu Inggris dengan umat Islam
Sempat terjadi perbedaan pendapat mengenai rencana lokasi pembangunan Masjid Istiqlal. Ir.H. Mohammad Hatta (Wakil Presiden RI) berpendapat bahwa lokasi yang paling tepat untuk pembangunan Masjid Istiqlal tersebut adalah di Jl. Moh. Husni Thamrin yang kini menjadi lokasi Hotel Indonesia. Dengan pertimbangan lokasi tersebut berada di lingkungan masyarakat muslim dan waktu itu belum ada bangunan di atasnya.
Sementara itu, Ir. Soekarno (Presiden RI) mengusulkan lokasi pembangunan Masjid Istiqlal di Taman Wilhelmina, yang di bawahnya terdapat reruntuhan benteng Belanda dan dikelilingi oleh bangunan-bangunan pemerintah dan pusat-pusat perdagangan serta dekat dengan Istana Merdeka.
Hal ini sesuai dengan simbol kekuasaan kraton di Jawa dan daerah-daerah di Indonesia bahwa masjid selalu berdekatan dengan kraton.
Pendapat H. Moh. Hatta tersebut akan lebih hemat karena tidak akan mengeluarkan biaya untuk penggusuran bangunan-bangunan yang ada di atas dan di sekitar lokasi. Namun, setelah dilakukan musyawarah, akhirnya ditetapkan lokasi pembangunan Masjid Istiqlal di Taman Wilhelmina bekas benteng Belanda.