Baca Juga: Jejak Langkah Islam Di Depok: Cirebon Di Anggap Memberontak
Sebelum menyerang Pakuan, Syarif Hidayatullah terlebih dahulu menata wilayah pemerintahan antara kesultanan Cirebon dan kesultanan Banten. Wilayah Cirebon adalah mulai sungai Citarum ke timur sedangkan wilayah Banten mulai sungai Citarum ke barat.
Begitu pula pemerintahan di Banten ditata sebagaimana mestinya. Diantaranya membuat Keraton dan masjid agung yang berarsitektur cina. Setelah persiapan matang mulailah penyerangan ke pakuan dilaksanakan sekitar tahun 1529.